Dr. Shay Covo
Please join me to start an exciting journey - Shay
I am looking for curious and creative graduate students for interesting projects regarding drug resistance in fungi. Genomic, genetic and metabolic approaches are used.
About Our Research
Fungi are extremely diverse group of organisms with immense important in agriculture and biotechnology. Some fungi possess severe threat to food security while others are essential to the food industry (imagine a world with no yeast).
In order to complete their life cycle fungi have to maintain their chromosomes. But this is not an easy task, the sun rays, other microbes, the host -- all cause damage to fungus chromosomes. For many important fungi it is still unknown how do they deal with damaged chromosomes. Our vision is to understand how fungi repair damaged chromosomes in such detail so we will be able to develop strategies that will induce an irreparable damage specifically to fungal plant pathogens.
While faithful transmission of genetic material is the basis for robust growth; under conditions such as exposure to antifungal treatments or environmental stress the population must adopt via genetic changes (aka mutations). We would like to know what type of mutations occur, how are they generated? Do mutations that are beneficial for one toxic exposure are detrimental for another? Can we reduce the ability fungi to change? Will that reduce acquisition of drug resistance?
Our research allows us to ask very basic questions in genomics, genetics and physiology but our biggest desire is to extend our research towards field experiments in order to develop antifungal approaches.
חקר כרומוזומים של פטריות
המעבדה לחקר כרומוזומים של פטריות
אם את/ה רוצים לעבוד בסביבה דינמית נעימה בשיטות חדשניות ובגישה גנטית מרתקת מקומך אתנו אנחנו מגייסים סטודנטים למסטר ודוקטורט
Contact Dr. Shay Covo
shay.covo@mail.huji.ac.il
טלפון: 08-9489160
פקס: 08-9466794
מחקר
לפטריות יש חשיבות עצומה בחקלאות, בתעשיית המזון והביוטכנולוגיה. קשה לדמיין למשל עולם ללא שמרים (לחם, בירה....). פטריות רבות מזיקות לחקלאות, למעשה יותר ממחצית מחלות הצמחים נגרמות ע"י פטריות. מחלות אלו מזיקות בשני מישורים: בעולם המערבי הן מהוות נזק כלכלי עצום המוטל על המגדלים ולבסוף גם על הצרכנים. בעולם השלישי מדובר על סכנה ממשית להספקת מזון סדירה. לפטריות יש חשיבות גם בתעשייה הביוטכנולוגית ובעיקר בתעשייה המתפתחת של אנרגיה חלופית כגון Bioethanol.
פטריות יכולות לשרוד חשיפה לחומרים רעילים. לפעמים תכונה זו היא חיובית לאדם – למשל כאשר הפטרייה משתתפת בתהליך ביוטכנולוגי מסויים ששלבים ממנו הם רעילים. אך לרוב היכולת של פטריות לרכוש עמידות לרעלנים (כמו למשל תרופות אנטיפטרטיות) היא מקור רב לדאגה. רכישת עמידות לתרופות קורית בזכות שינוי בגנום של הפטריה.
במעבדה שלנו אנחנו חוקרים איזה שינויים מתרחשים בכרומוזומים של פטריות, איך הם מתרחשים ואיך השינויים הללו מובילים לעמידות לתרופות. החזון שלנו הוא להבין את התהליכים הללו ברמת פירוט כה גבוהה כך שנוכל לעכב אותם.
אנחנו משמתמשים בשמר המנץ (Saccharomyces cerevisiae) כמודל בזכות היכולת לבצע ניסויים גנטיים מורכבים ולערוך מחקרים ברמת המערכת (Systems biology). אנחנו גם נחקור את השינויים שעוברים כרומוזומים של פטריות פתוגניות עמידות לתרופות כגוןBotrytis cinerea. השיטות בהם אנחנו משתמשים הן בחזית המדע והטכנולוגיה: ריצוף מחדש של גנומים (NGS), השוואה כרומוזומלית בין זנים שונים (Comparative Genome Hybridization) ועוד.
כיוון מחקר נוסף הינו הדברת פטריות ע"י פגיעה בלתי הפיכה בכרומוזומים שלהם. כל האורניזמים בעולם חשופים לנזקים לחומר התורשתי. נזקים לו מגיעים ממקורות חיצוניים (קרינת שמש), מהמטבוליזם הנורמאלי של התא ושל החומר התורשתי ובמקרה של פטריות פתוגניות בצמחים גם מהאינטראקציה עם הצמח. הצמח מייצר רדיקלי חמצן הפוגעים גם בכרומוזומים. לכל האורגניזמים ישנן מערכות תיקון מורכבות ומסובכות, פגיעה בהן תוביל לעצירת מחזור התא והפסקת הגידול. אנחנו מחפשים חלבוני תיקון דנ"א שיהיו שונים מהותית בין הפטרייה הפתוגנית ובין הצמח כך שנוכל לייצר מעכבים ספציפיים כנגד חלבונים אלו.